Gate of Nightmares est une aventure de fantasy de magie et d'épées, qui prend place à la fois dans le "monde réel" où les gens vivent, et dans "Remurias" un monde dans lequel des rêves mélangés se manifestent. Lorsqu'Emma, une fiche devenue "Nightwalker" et qui commande à des monstres nés de mauvais rêves et nommés "Nightmares", rencontre Azel, un garçon mystérieux apprécié des Nightmares, elle est entraînée dans une aventure au cours de laquelle le destin du monde sera mis en jeu.
Tous les personnages du jeu sont des créations inédites de l'illustrateur Hiro Mashima. L'ensemble du scénario par Jin Fujisawa est entièrement doublé.