Sur le continent de Forneas réside un puissant empire ainsi que plusieurs petits pays. Parmi tous ces pays, le royaume de Mondoa est situé le plus au sud du continent. Ce dernier veut essayer d'étendre son territoire en attaquant d'autres petits pays plus au nord. Tout comme pour l'épisode 2 et 3, Mercenaries Saga vous place à la tête d'un petit groupe de mercenaires et où vous recruterez d'autres personnages au fur et à mesure que l'histoire progresse. Vos personnages pourront toujours changer de classes et apprendre plusieurs compétences.