L’histoire prend place à Shendoah, un monde protégé par Sephiroth. Cependant, le pouvoir de l’arbre-monde ayant commencé à s’affaiblir, d'innombrables habitants ont été submergés par un obscurcissement qui les a transformées en monstres. Maintenant que le monde est au bord de la destruction, un groupe se lance dans une aventure. Mais quelle horrible vérité les attend à la fin de leur voyage ?
Il faudra naviguer dans des donjons remplis de pièges en résolvant des énigme en utilisant les capacités de chaque personnage. Il est aussi possible de déclencher de puissantes attaques appelées «fusions» dans des batailles en tour par tour. Le joueur pourra également améliorer ses équipements, tandis que de nombreuses sous quêtes sont disponibles pour un plaisir supplémentaire.