Tout comme dans Human Revolution, l'action se déroule 2027 mais on incarne cette fois-ci Ben Saxon, un ancien mercenaire du SAS britannique sur lequel ont été implantées des augmentations. Trahi par ses employeurs, les Tyrants, il se lance dans une mission pour découvrir la vérité. Cette fois-ci, tous les humains qui ont subi des augmentations sont en danger... Deus Ex : The Fall est un jeu pour « systèmes mobiles et tablettes » (iPhone et iPad). Il s'agit en fait une suite directe du roman de James Swallow, « Icarus Effect ». Il reprend donc certains personnages de cette œuvre.
D'après les développeurs, le jeu est « très fidèle à l'esprit de la franchise » et « se déroule dans le même univers que Deus Ex : Human Revolution.