Puzzle & Dragons Z est un titre mixant des éléments de puzzle game classiques, des phases de « dungeon-crawling » et de la collecte de monstres (400 créatures disponibles). Les joueurs peuvent en effet capturer (et faire évoluer) des équipes de monstres pour qu'ils puissent ensuite affronter d'autres monstres. Pour attaquer ses adversaires, le joueur doit aligner des groupes de gemmes (au moins trois) et tenter de réaliser des combos pour provoquer encore plus de dégâts.
Cette adaptation de Puzzle & Dragons sur 3DS bénéficie de contenus exclusifs dont des « drops » qui peuvent causer de grosses explosions.