Young Justice : Legacy fait le lien entre les deux saisons du dessin animé éponyme sorti en 2010. La bande de super-héros, parmi lesquels Aqualad, Robin, Nightwing, Flash Jr et Superboy parte à l'aventure tout en traversant les étapes les menant à l'âge adulte.
Si les caractéristiques techniques du jeu ne varient pas d'un support à l'autre, le gameplay sera subtilement différent pour s'adapter aux contrôles.