Mary Skelter Finale proposera un "visual novel" relatant les histoires de Mary Skelter : Nightmares, Mary Skelter 2, et Love Prison Tower Mary Skelter.
L'histoire débute avec le prologue suivant : « Une seule rencontre décide de la fin du drame.. Lorsqu’une « petite fille » solitaire que personne ne remarque reçoit un nom, un seul espoir et une seule joie se manifestent… Le rideau est sur le point de se lever pour la finale. »
Jack, le héros principal, doit travailler avec les filles de sang pour échapper à la prison et finalement vaincre les Merchen.
Il reprend les mêmes systèmes de combat des précédents opus, mais propose également de nouveaux éléments , comme le « Zapping System » qui permettra notamment d'alterner entre plusieurs protagonistes en temps réel.