Etrian Odyssey : Millennium Girl est présenté comme une refonte du premier Etrian Odyssey, avec une refonte graphique et musicale. Il devrait toutefois être bien plus qu'un simple « portage » du titre original sorti sur DS : les développeurs prévoient en effet de le doter d'un mode scénarisé, dans lequel l'équipe est composée de manière fixe.
Toutefois, les vieux de la vieille pourront passer en « mode classique » dans laquelle le jeu revient au game system de « dungeon-crawling » initial. Il sera aussi possible de remettre les musiques d'origine au lieu de leurs remixes.
Le jeu comptera environ 200 Grimoires qui vous permettront d'apprendre de nouvelles compétences, même celles des monstres. Vous pourrez aussi compter sur la guilde pour accepter de nouvelles quêtes. Les ajouts au gameplay se répercuteront sur le « mode classique ». Il ne sera donc pas possible de les désactiver pour jouer 100% à l'ancienne avec les seuls améliorations graphiques.
Pour les néophytes, trois niveaux de difficulté sont prévus : Picnic pour les débutants, ainsi que Standard et Expert.
La date du jeu est fixée au 27 juin 2013 au Japon.