Fairy Fencer F se sert du système de combat de Hyperdimension Neptunia Victory comme base et dispose d'éléments additionnels qui viennent se greffer sur cette charnière.
Les combats se déroulent toujours dans un environnement 3D et un paramètre de vitesse détermine les tours d'action.
Lorsque vous battrez un ennemi ou encaisserez des dégâts, une jauge de tension se remplira. Il s'agit de la jauge rose visible au-dessus des portraits de Fang et de Tiara. Les personnages infligeront des dommages plus élevés lorsque la tension sera élevée. En revanche, si votre tension est faible, votre pouvoir défensif diminuera. D'après Compile Heart, si votre tension atteint une certaine valeurs, un « nouvel effet » se produira.
Les ennemis disposeront de barres de HP au-dessus de leur tête, ce qui aidera le joueur à choisir la cible sur laquelle il vaut mieux se concentrer.
Après le combat, vous gagnerez des points d'expérience comme dans n'importe quel RPG classique et vos personnages pourront éventuellement s'améliorer. Néanmoins, ici, le levelling correspond uniquement à une augmentation des statistiques. Si vous souhaitez apprendre des compétences ou des sorts, vous devrez utiliser votre « Fury » (une arme spéciale utilisée par les Fencers). Les personnages pourront également apprendre des « Weapon Combos » et gagner des WP (« Weapon Points ») pour renforcer leur arme.
Fairy Fencer F sortira le 19 septembre 2013 sur l'Archipel.