Fairy Fencer F disposera d'un donjon spécial intitulé « Tower of Syukesu ». Cette tour deviendra de plus en plus grande en fonction de l'« Effet de Résonance » (« Resonance Effect ») provoqué dans le monde par l'utilisation des « Furies » des joueurs.
Les « Furies » peuvent altérer les règles basiques de l'intégralité du monde du jeu, et peuvent par exemple bannir toute la magie ou encore doubler les points d'expérience, ce qui permet de maximiser les forces de notre équipe tout en affaiblissant grandement de multiples ennemis. Attention néanmoins aux effets pervers provoqués par ce genre de transformations... Heureusement, il sera possible de fuir les combats facilement pour ensuite tenter de trouver quelle altération du monde est nécessaire pour vaincre certains monstres.
En venant à bout de chaque étage de la tour, les joueurs obtiendront des objets et de l'argent. La qualité des récompenses augmentant au fur et à mesure de votre ascension.
Après avoir terminé le jeu, de nouveaux ennemis seront débloqués dans ce donjon.
Fairy Fencer F sortira le 10 octobre 2013 au Japon sur PS3.