Tout comme God Eater Burst, God Eater 2 permettra aux joueurs d'éditer les balles qu'utiliseront leurs armes. Cette suite bénéficiera toutefois de nouvelles options telles que la possibilité de changer l'angle de rayonnement de nos projectiles.
L'une des principales nouveautés de God Eater 2 est son système de « Blood Arts ». Les attaques des balles disposeront d'un système similaire, le « Blood Bullets » qui permettra d'apprendre de nouvelles compétences comme le « Ricochet Shot » (balles rebondissantes) les balles et le « Multi-Homing » (tirs rapides).