Récemment, le producteur du jeu, Eiji Aonuma, a déclaré vouloir clarifier les quêtes dans cette version 3DS du titre. En effet, il semblerait que dans le version de base, de nombreux joueurs finissaient le jeu sans même avoir conscience de toutes les quêtes secondaires qu'ils avaient loupées.
Pour ce faire, le Bomber's Notebook, que Link acquiert au cours de l'aventure, devrait utiliser la fonctionnalité des deux écrans pour guider les joueurs vers les événements cachés.