Le jeu prend bien entendu toujours place dans le monde de Zémuria. L'ensemble de l'Empire a été affaibli lors de la catastrophe connue sous le nom de « Grand crépuscule ». Grâce aux efforts de différents héros, l’ensemble des régions ont survécu à cette crise. Le jeu se déroule après cet événement. Les trois personnages principaux et leurs actions sur tout le continent font que leurs destins sont intimement liés. L'un est un « héros », l’autre un « libérateur » et le dernier un « ermite ».

Ce nouvel épisode permettra de découvrir de nouvelles fonctionnalités de gameplay qui s’appuient sur les précédents jeux. La principale nouveauté concerne un système qui permettra de suivre les trois scénarios en parallèle, permettant de passer de l’un à l’autre. Falcom annonce pas moins de 50 personnages jouables en tout, avec l’apparition de nouveaux héros mais aussi le retour d’anciens personnages des opus précédents. Des épisodes spéciaux sont prévus pour détailler l’histoire de certains héros.

Comment les habitants de Crossbell se sentent-ils alors qu'ils se préparent à redevenir indépendants ? Quelles pensées traversent l'esprit du peuple de l'Empire qui a perdu son puissant pilier ? Et que prépare la société Ouroboros, dont le Grand Maître a décrété que le « Plan final Orphée » serait sa nouvelle étape ?