Suivez les aventures de Ikki et Metabee, luttant pour la paix de Rivervie City contre les exactions de Rubberobo. Ils seront aidés pour cela par leurs amis et le mystérieux Phantom Renegade. Adapté de l'anime éponyme, Medabots: Metabee Version et son complément Rokusho Version consiste en des affrontements tactiques au tour par tour. Le joueur customise son Medabot pour choisir ses attaques et aptitudes, et chaque coup vise l'une ou l'autre des parties du robot.