Pokémon Mystery Dungeon : Magnagate and the Infinite Labyrinth vous propose d'incarner un personnage – plongé dans un rêve – qui est transformé en Pokémon et qui partira explorer diverses antres pour porter secours à des Pokémon lors de nombreuses quêtes. Ce spin of en 3D vous permettra de contrôler un Pikachu, un Moustillon, un Coupenotte, un Vipelierre ou un Gruikui.
Différents Pokémon d'Unys tels que Ouvrifier, Trioxhydre et Viridium, seront présents.
Insolourdo vous confiera des quêtes, Tutankafer tiendra une boutique (non détaillée), Charkos s'occupera d'une échoppe de trésors, et Kecleon vendra diverses marchandises.
Le jeu disposera également d'une fonctionnalité RA qui permettra de scanner des choses pour qu'elles deviennent des « Magnagates » et ouvrent des voies vers d'autres donjons.
Contrairement aux épisodes précédents de la série Pokémon : Donjon Mystère, il semblerait que ce titre soit un « standalone ».