Le scénario de Radiant Historia prend place à Vancool, une terre habitée par des êtres humains et des bêtes et divisée en cinq différents pays. Vous incarnerez Stok, un jeune homme âgé de 19 ans travaillant pour l'agence de renseignement d'Alicetel, un pays en guerre contre un vaste état, Gran org. Alicetel souffre également d'un terrible mal qui transforme ses habitants en sable.
L'histoire de Radiant Historia débute pleinement lorsque Stok est impliqué dans une mission de sauvetage à Gran org, et qu'il est grièvement blessé; il se réveille à Historia, un endroit où le temps et l'espace sont déformés. De mystérieux enfants lui donnent alors le pouvoir de voyager dans le temps et l'espace et lui confient que l'avenir du monde repose sur ses épaules... Radiant Historia est le prochain RPG d'Atlus sur Nintendo DS. Ce nouveau projet s'appuiera notamment sur l'expérience de Satoshi Takayashiki, Hiroshi Konishi (respectivement créateur et character designer de Radiata Stories) , Mitsuru Hirata (connu pour son travail sur Shin Megami Tensei III Nocturne) et Yoko Shimomura (compositrice des musiques de la série des Kingdom Hearts) ce qui est plutôt prometteur quant à sa qualité.
Radiant Historia reposera sur une histoire spatio-temporelle qui se traduira directement dans le soft par divers éléments de gameplay.
Quelques informations concernant le système de combat du titre sont également disponibles ; il sera ainsi possible de voir les ennemis directement sur la carte du monde (qui s'annonce vaste) et de les « rencontrer » pour déclencher un affrontement. Les joutes reposeront alors sur un système stratégique de grille (« grid system ») où le placement des alliés/ennemis sera prépondérant.