Atelier Meruru permet d'incarner Meruru (Meryl ou Merle en version « occidentalisée ») , une jeune fille âgée de 15 ans qui n'est ni plus ni moins que l'apprentie de Totori (19 ans) , l'héroïne du second volet des épisodes Alchemist of Arland. Intitulé Atelier Meruru, ce RPG est la suite d'Atelier Rorona et d'Atelier Totori bien qu'il ne se déroule pas à Arland mais dans un petit pays voisin nommé « Earls ». Rorona fait d'ailleurs partie du casting du jeu mais elle a l'apparence d'une petite fille ce qui est bien surprenant quant on sait que cette demoiselle fut le professeur d'alchimie de Totori ! Il appartient donc aux joueurs d'éclaircir ce mystère au cours du jeu.