Tranquillement en train de boire avec son meilleur ami Dogi, Adol le célèbre héros, est agressé par les soldats de l'amiral Agarès. Ces derniers réussissent à s'enfuir grâce à l'aide de Terra, une jeune pirate qu'ils avaient connu des années plus tôt. Ils s'enfuient ensemble à bord du navire de la jeune fille mais sont poursuivis par les soldats. Pour les échapper, ils tentent de naviguer au travers d'une mystérieuse tempête appelée Vortex de Canaan. Malheureusement, la situation tournera mal et Adol passera par dessus bord mais, grâce à sa légendaire chance, survivra et se retrouvera sur une plage, recueilli par deux charmantes jeunes elfes. Tout aurait bien pu se passer si cette île n'était pas coupée du monde extérieur par le vortex et si un conflit ne menaçait pas d'éclater entre les clans. Un véritable changement entre Ys V et Ys VI ou le jeu se voit propulser dans une totale 3D. Par contre les personnages restent dans des sprites plus ou moins mignon. Le jeu devient donc super dynamique et bien plus jouissif que les précédents opus, avec un changement au niveau des armes, puisqu’on aura le droit à 3 épées différentes, upgradables via des cristaux ramassés sur les ennemis et qui donneront plus de puissances et des compétences aux armes. Pour le reste c’est du classique, exploration de divers lieux à la recherche d’objets permettant d’avancer. Les fans de la série seront conquis avec un premier épisode véritablement en 3D et bien dynamique.