Harvest Moon : Seeds of Memories s'inspire du gameplay « old school » des premiers jeux de la série, tout en disposant de « rebondissements modernes ».
Les joueurs doivent redonner vie à une ferme et se lier d'amitié avec les habitants d'une bourgade pour débloquer des « Graines de Souvenirs ». Celles-ci peuvent être obtenues de diverses manières, par exemple en donnant à un villageois son objet préféré, en capturant un poisson géant, ou en élevant un corbeau.
Les vaches, moutons et autres poulets sont bien présents tout comme le cheval (que l'on peut monter) et le chien. Les joueurs peuvent également tenter de « domestiquer » un lynx roux.
Il est possible de cuisiner, pêcher, récolter des ressources dans les environnements, faire de l'extraction minière, ou encore d'améliorer les outils.
Les joueurs peuvent prendre part à des concours et des festivals tels que le Concours de Cuisine ou le Festival de la Nuit Étoilée. Dix partenaires (5 personnages masculins et 5 féminins) potentiels pour des mariages sont présents.