Les joueurs pourront vivre ou revivre les aventures de la série Baten Kaitos et participer à des combats basés sur des cartes, où chaque décision peut inverser le cours de la bataille. Dans chaque jeu, les joueurs incarneront un Esprit Gardien chargé de guider le protagoniste et ses compagnons jusqu’au bout de leur voyage.

En effet, dans Baten Kaitos : Les Ailes Éternelles et l'Océan Perdu, le héros Kalas cherche à venger la mort de son frère et de son grand-père, mais croise la route de Xelha et se retrouve embarqué dans une aventure pour faire chuter l’empire d’Alfard. Quant à Baten Kaitos Origins, le second épisode, disponible en Europe pour la première fois, il se déroule 20 ans plus tôt et raconte l’histoire de Sagi, connecté aux Esprits Gardiens et membre du Dark Service, une unité d’élite de l’empire d’Alfard. Piégé et accusé à tort, mais bien déterminé à rétablir sa réputation, il se lance dans une quête qui l’amènera à dévoiler les secrets de l’empire.