Loin dans les montagnes du Japon, se trouve une terre nommée "Gensokyo", isolée du reste du monde par une barrière depuis 130 années. Reimu et Marisa y vivaient paisiblement, mais furent soudain repoussés au-delà de la barrière par un phénomène étrange et se retrouvèrent dans une ville inconnue. Ils y rencontrèrent une fille nommée Touko, qui possédait des pouvoirs surnaturels. Cette rencontre était-elle guidée par la chance ? Leur vie de tous les jours était sur le point de changer radicalement.