Ce titre prend place dans un futur proche où le monde réel et le monde digital sont mélangés. Vous incarnez un protagoniste « a demi digital » et pouvez amener des Digimon tels qu'Agumon dans le monde « réel ».
Ce héros est un « cyber détective » qui devra résoudre des situations mystérieuses dans ces deux mondes.
Tout comme dans les autres jeux de la série, la collection, l'entraînement et les combats sont au cœur du gameplay.