Caligula prend place dans un monde virtuel nommé Mobius et nous conte l'histoire d'un groupe de neuf personnes (hommes et femmes) qui tenteront de retourner dans le monde réel. Ce jeu qualifié de « next generation juvenile RPG » met l'accent sur les pathologies modernes et les traumatismes. Son titre, « Caligula », renvoie à des interdits et des transgressions : « vouloir voir des choses que l'on n'a pas droit de voir et vouloir faire des choses que l'on n'a pas droit de faire ».
Les héros du jeu sont coincés dans une réalité virtuelle où tous les êtres humains sont des élèves d'un lycée idéal et sont « condamnés » à répéter jour après jour cette « vie scolaire ». Toutes les personnes présentes à Mobius ont oublié le monde réel. Pour différentes raisons, les protagonistes vont se rendre compte que Mobius n'est pas le monde réel et vont former le « Going Home Club » (« Club pour rentrer à la Maison ») dans l'espoir de rentrer chez eux et pour mettre en place des actions pour parvenir à leurs fins. Néanmoins, certains membres de l'équipe souffraient dans la réalité et avaient trouvé leur salut à Mobius ; ils sont donc porteurs d'un « côté obscur » qu'ils ne peuvent pas partager avec les autres.
Mobius et un monde idéal crée par le logiciel vocal « μ ». Les gens fuient une réalité désespérante en se réfugiant à Mobius et ceux qui sont « sauvés » par son chant peuvent vivre tous leurs rêves. A Mobius, on trouve des hommes et des femmes de tous âges qui deviennent des lycéens et vivent en boucle des cycles de trois années d'études.
Cette mouture HD sur PS4 inclut des visuels et une direction largement améliorés, une "Forbidden Musician Route" qui double la longueur du scénario, plusieurs fins différentes, nouveaux membres du Club Go-Home, de nouveaux musiciens et de nouvelles chansons.