Un autre incident se produit à Gensokyo, où les humains et les yôkai ont commencé à disparaître mystérieusement. Les joueurs peuvent sélectionner l’un des quatre personnages en début de partie, à savoir Reimu, Yukari, Byakuren ou Meiling, et se lancer ensuite à l’aventure pour résoudre cet incident. Dans cet épisode, vous pourrez équiper jusqu’à 3 “shikigami” aux personnages, qui permettent d’utiliser de nombreuses compétences et habiletés. Tout comme les personnages, les shikigami gagnent eux aussi de l’expérience, tant qu’ils sont équipés, et pourront donc apprendre de nouvelles capacités.