Une légende raconte qu'il y a fort longtemps, les "Dieux de l'Ordre" et les "Dieux du Chaos" se disputaient le contrôle du monde. De grandes armes tombèrent sur terre, et le monde commença à s'effondrer. Chaque Dieu choisit un intermédiaire - un "Guerrier des Dieux" - et il fut décidé que le vainqueur serait déterminé au travers les combats opposant les guerriers.
Ainsi, le temps passa. Cyan, un jeune homme vivant une vie tranquille dans un petit village, appris qu'il était un "Guerrier du Chaos" choisit par les Dieux. Accablé du fardeau d'un avenir cruel, il parti pour un voyage pour affronter son destin aux côtés d'Eris et Xanthys, qui le rejoignirent comme s'ils avaient été guidés jusqu'à lui.
Trinity Trigger s'inspire des RPG traditionnels des années 90. Il se déroule dans un univers isométrique et les combats en action en temps réelle. Pour combattre, "switchez" entre les armes (jusqu'à huit types différents) via un système de menu en anneau. Pour remporter la victoire, il faudra non seulement trouver une ouverture pour vaincre l'ennemi, mais aussi employer la meilleure arme contre laquelle celui-ci est vulnérable.