God Eater 2 se déroule trois années après les événements de God Eater. Les joueur découvrent un personnage principal masculin ou féminin totalement inédit, de nouvelles armes (dont le « Boost Hammer » et la « Charge Spear ») et de nouveaux Aragamis.
Le jeu s'appuie sur un nouveau système intitulé « Engage System ».
Les joueurs peuvent transférer librement leur sauvegarde de la version PSP à la version Vita, et profiter d'un mode multijoueur « cross-compatible » en ad-hoc.
La version Vita dispose de graphismes améliorés et de contrôles tactiles.