Le jour de la Fête Annuelle des Stickers, Bowser décide de faire une mauvaise blague et disperse six Stickers Royaux à travers le pays. Pour retrouver ces stickers mystérieux et magiques, qui sont maintenant collés sur Bowser et ses sous-fifres, Mario se lance dans une aventure en compagnie de Kersti, une fée sticker, et visite des prairies, des déserts, des forêts, des montagnes enneigées ou encore des zones volcaniques. La licence Paper Mario débarque pour la première fois sur une console portable de Nintendo avec Paper Mario 3DS, un épisode qui devrait miser sur un cocktail sympathique entre modèles tout plat en « papier » et profondeur de champ.
Les Stickers sont un élément central du gameplay. Ils servent en effet d'items et d'attaques lors des combats et peuvent également être utilisés dans les environnements du jeu pour révéler de nouvelles zones et de nouveaux chemins pour progresser dans l'aventure.
Vous devrez collecter des stickers en les décollant des décors du jeu ou en les achetant dans des boutiques. Vous pourrez aussi créer vos propres stickers et les stocker dans un cahier pour les utiliser ultérieurement.