Il existe des fontaines de fées où vous pouvez remplir vos coeurs d'énergie et prendre des petites fées dans vos flacons vides.

- Plaine d'Hyrule : à l'ouest du château, il y a une île, pulvérisez le rocher pour descendre dans le trou

- Bois perdus : au Bosquet sacré, montez à l'échelle et sautez dans le trou

- Cimetierre Cocorico : il faut tirer la tombe où reposent des fleurs et descendre dans le trou. Détruisez le mur au fond.

- Rivière Zora : montez avec le haricot magique (Link adulte) et sautez sur le plateau en hauteur, là où il y a un cercle de pierre. Détruisez le gros rocher avec la masse des titans puis sautez dans le trou. (En étant enfant il faut utiliser la poule et exploser le rocher au centre des pierres).

- Domaine Zora : rejoignez le zora sur une plate-forme à l'entrée et jouez le Chant des tempêtes.

- Forteresse Gerduo : à l'entrée entre les deux caisses jouez le Chant des tempêtes.

- Colosse du désert : au sud de la carte, rejoignez l'oasis desséchée, et jouez le Chant des tempêtes.

- Château de Ganon : sous le pont menant à la tour de Ganon, mettez le monocle de vérité pour découvrir une salle secrète.

Il y a aussi des fées spéciales qui sont jaunes et inattrapables mais qui redonnent de la vie dans les donjons, il suffit de jouer le Chant des tempêtes ou le Chant du Soleil quand Navi devient verte et fonce au sol.