Mega Man Xover prend place dans le Xover World (prononcez Crossover World), un cross-over de tous les mondes de Mega Man. Différents héros de la série ont été enfermés dans une autre dimension par des « vilains » tels que le Dr. Wily et Sigma. Le Dr. Light et le Dr. Cossack se sont du coup unis pour développer un nouveau robot pour résoudre cette situation dangereuse. Ce dernier devra utiliser les « Battle Memories » dispersés à travers le monde pour améliorer ses capacités. Mega Man Xover (Rockman Xover), est un RPG social qui commémore le 25 anniversaire de cette franchise.
Le joueur prendra le contrôle d'un robot et construira son propre Mega Man. Il pourra s'allier à d'autres usagers pour ramener la paix dans le monde.