Puzzle & Dragons est un titre mixant des éléments de puzzle game classiques, des phases de « dungeon-crawling » et de la collecte de monstres (400 créatures disponibles). Les joueurs peuvent en effet capturer (et faire évoluer) des équipes de monstres pour qu'ils puissent ensuite affronter d'autres monstres. Pour attaquer ses adversaires, le joueur doit aligner des groupes de gemmes (au moins trois) et tenter de réaliser des combos pour provoquer encore plus de dégâts. Le jeu s'appuie sur un système de micro-transactions in-game : il est ainsi possible d'acheter des « Magic Stones » qui serviront ensuite à restaurer des HP, obtenir des monstres rares ou encore recommencer des donjons que l'on a pas réussi à terminer.