Keita est de retour dans une aventure qui le conduit (avec ses amis) dans la ville de Sakura New Town de l'ère Showa grâce au pouvoir d'un fantôme mystérieux. Un nouveau personnage ressemblant à Keita nommé Keizo est au cœur de cette intrigue empruntant le thème du voyage temporel. Denakanyan, un chat fantôme détenant un secret, jouera également un rôle prépondérant... Youkai Watch 2 a droit à deux déclinaisons : Youkai Watch 2 : Ganso (« Founder ») et Youkai Watch 2 : Honke (« Head »).
Cette suite promet des révélations sur la mystérieuse origine de la Youkai Watch, la montre que Keita a reçu dans le premier jeu et qui lui permet de voir les fantômes.
Youkai Watch 2 disposera de nouveaux événements ; il est ainsi question de courses de vélos et d'ascensions « au sommet » du drapeau de l'école pour trouver des fantômes. Si vous avez déjà joué à l'opus original, vous pourrez par ailleurs vous lier l'amitié avec des fantômes spéciaux.