Itsuki Yuge est un jeune homme qui a perdu ses parents en bas âge. Il vit avec sa cousine et camarade de classe, Mahiru Konatsuki, tout en menant une vie étudiante. Un jour, Mahiru appelle soudain Itsuki à venir sur le toit de l'école. Quand il est arrivé sur le toit où Mahiru attendait, Mahiru l'a surpris avec une confession choquante. « Il semble que je sois enceinte… » Immédiatement après, une porte de lumière est apparue du ciel et les engloutit. Quand ils ont atteri, un monde étrange appelé « Granvania » s'étandait devant eux… Dans ce monde magique, « Granvania », où ils ont été convoqués, Itsuki est traité comme un sauveur appelé « le cadeau de Dieu ». Actuellement, Granvania est au bord de la crise face aux « impuretés » qui recouvrent le monde en raison d'une « anomalie des étoiles ». Le roi demande à Itsuki, perplexe de purifier les impuretés qui couvrent le monde, et d'élever des enfants avec les «12 Star Maidens » afin d'y arriver. Seul « le cadeau de Dieu » venu d’un autre monde, et les « Enfants des étoiles » conçus du « cadeau de Dieu » et des « Star Maidens » pourront détruire les impuretés. Pour retourner à son monde d'origine et sauver ce monde, Itsuki doit demander aux 12 Star Maidens : « Donnez naissance à mes enfants…! »