Cet épisode reprend le monde de Phantasy Star Online II, mais sans les éléments "online".
L'histoire principale est développée à travers des missions, chaque mission accomplie faisant progresser le scénario.
Il est possible de jouer en ad-hoc jusqu'à 4 joueurs.
Le protagoniste principal appartient à un groupe nommé Arks Special Planetory Exploration Group Alter, dont le vaisseau s'est écrasé sur la planète “Planet Machia”. Cette planète abrite les dangereux “Gigantes” que le héros devra combattre pour ressortir vivant de cet univers inhospitalier.
Les NPCs principaux sont :
Lutia : jeune femme de 18 ans, partenaire du personnage principal. Elle appartient à la classe Force.
Seil : jeune homme de 18 ans, au tempérament de feu, qui est totalement dévoué à ses amis. Il appartient à la classe Hunter (Chasseur).
Phildia : femme de 28 ans, capitaine temporaire du Delta Variant. Elle appartient à la classe Hunter.
Chaque classe peut manier certaines armes, comme par exemple les épées pour les Chasseurs, ou les bâtons pour les Forces.
On ne trouve pas d'armes en combattant les ennemis. En revanche, il est possible d'en créer en récoltant certains matériaux.
De nouvelles armes de tir, appelées Pile, sont utilisables. Elles permettent d'affaiblir certaines parties des adversaires, et peuvent avoir des effets spéciaux contre les Gigantes.
Les joueurs peuvent créer et customizer totalement leur avatar. Les NPCs du jeu sont quant à eux dessinés par le character designer de Phantasy Star Online 2.
On retrouve de nombreux ennemis de Phantasy Star Online 2, tels que Kyuklonaada, Wolgarda ou Wol Dragon (vert), de même, le géant Agrios.