Senran Nin Nin Ninja Taisen Neptune : Shoujo-tachi no Kyouen est un crossover entre Senran Kagura et Neptunia.
"Game Ninja World", un monde où tous les ninjas se rassemblent.
Alors que la lutte pour le contrôle du pays s'intensifie entre les seigneurs féodaux de chaque pays, des étincelles fusent entre les deux grandes puissances avec les deux principales écoles de ninja. La « Konbaryuu » maîtrise l'art du ninjutsu grâce à la « Technique du Commandement », tandis que la « Hakobaryuu » maîtrise l'art du ninjutsu grâce à la « Technique de l'Action ».
Les deux camps se battaient pour la suprématie lorsqu'une mystérieuse armée de ninjas utilisant une « Technique de tir » a soudainement attaqué. En un clin d'oeil, l'armée de machines ninja avait déjà dépassé une puissance moindre, et son chef You Geima a annoncé au monde... les « Super guerres NINJA » pour décider de l'école de ninja la plus puissante du monde !