L'histoire de Lightning Returns : Final Fantasy XIII se déroulera dans un monde maudit nommé « Novus Partus ». Ce monde sera divisé en quatre continents, chacun d'entre eux ayant droit à des décors spécifiques. L'un des principaux continents, Luxerion, sera également connu sous le nom de Capitale de la Lumière.
La plupart des habitants de Luxerion attendent calmement la fin du monde si l'on en croit une interview des développeurs publiée dans Famitsu. Certains citoyens n'attendront toutefois pas les bras croisés : une organisation s’élèvera contre le Libérateur/La Libératrice et les adeptes de Bhunivelze et s'attaquera à eux de manière active.
Cette organisation ne sait pas que Lightning est la Libératrice mais met tout en place pour tenter de l'attirer... C'est pourquoi une série de meurtres mystérieux frappent Luxerion.
Les habitants de Novus Partus ont vécu 500 années depuis la fin de Final Fantasy XIII-2, mais aucun d'entre eux ne s'en est rendu compte. Le cycle de la vie s'est arrêté, aucune nouvelle vie n'est née, et les personnes qui s'interrogent sur ce phénomène sont rapidement éliminées.
Lightning sera le seul personnage jouable du jeu mais les personnages importants des précédents jeux apparaîtront tout au long de l'histoire. Chocolina fera par exemple une apparition est aura un rôle plus important que dans Final Fantasy XIII-2.
La diplomatie sans les armes, c'est la musique sans les instruments., Commandant Shepard, Mass Effect
