Kai et Elisa doivent vaincre le diable et faire revivre Vadelle, le royaume dont le diable a emporté la source de vie. Pour cela, ils ont besoin de pierres magiques et ils doivent les trouver dans des temples situés dans tout le royaume. Mais des intentions et des phénomènes inconnus se mettront bien sûr sur leur chemin.
Le système de combat de Fairy Knights est basé sur le puzzle. Diverses attaques et sorts sont activés selon la façon dont l'itinéraire est connecté en déplaçant des panneaux de pierre. Et les combos sont également importants. Plus de combos signifient plus de dégâts.