La version « Plus » d'Atelier Ayesha contiendra des boss issus de Escha & Logy.
De plus Gust a créé quelques costumes pour les principaux protagonistes, dont un inspiré par Alice au Pays des Merveilles pour Ayesha ... Une autre nouveauté dans cette version sont les « missions album ». En réunissant certaines conditions, le joueur pourra retourner des panels afin de créer une image et obtenir un bonus (un costume la plupart du temps).
Atelier Ayesha Plus est prévu le 27 mars au Japon sur PS Vita. A noter que cette version contient d'emblée tous les DLC de la version PS3.