Baten Kaitos 2 aura lieu 20 ans avant les événements du premier, avec pour héro Sagi. Sagi est un jeune homme intelligent, filiale avec une unité d'élite de l'empire et l'héroine du jeu est une collègue de Sagi, nommée Milii. Gilo est une marionnette voyageant le monde avec Sagi afin de trouver la raison de son existence. Tandis que beaucoup de nouveaux continents et caractères seront présentés, ceux qui ont joué au premier rencontreront également beaucoup d'endroits familiers et de visages du premier jeu. Baten Kaitos 2 jettera une certaine lumière dans les mystères liés à un désastre.
On peut aussi voir que le système de bataille de carte (de Magnus) fera son retour.
L'humanité atteindra-t-elle jamais une telle pureté ?, Yunalesca, FFX
