D'après le directeur Jean-François Dugas, Deus Ex : The Fall a failli avoir un protagoniste féminin.
Ce jeu met en avant Bex Saxon, un ancien mercenaire qui est en fuite. Néanmoins, Ben est accompagné par un autre personnage nommé Anna Kelso, et cette dernière a été un temps considéré pour avoir le rôle principal.
Dans une vidéo Questions/Réponses de l'E3 publiée par Square Enix, Dugas a révélé qu'alors qu'Anna était envisagée tôt dans le développement pour être l'héroïne du jeu ; l'équipe devait respecter un « calendrier très serré » et elle essayait de réutiliser des animations et des assets déjà existants, l'intégralité d'entre eux étant basé sur une forme physique masculine.
« C'était une décision qui a été prise davantage du point de vue de la production que du point de vue créatif. »
Dugas et James Wright (scénariste) ont également déclaré que Deus Ex : The Fall était le début d'une histoire pour mobiles et tablettes, et qu'il y aura plus d'histoires dans le futur. Ils n'en ont pas dit plus sur les spécificités des prochains projets.