Attendu le 18 décembre 2014 au Japon, Final Fantasy Explorers aura également droit à une édition limitée « Ultimate Box » commercialisée sur l'e-Store de Square Enix au prix de 13 000 Yens (hors taxes). Elle contiendra :
- un exemplaire du jeu. Le bonus prévu pour les premières copies du jeu (un code débloquant une quête permettant d'obtenir l'équipement du Chevalier Oignon de Final Fantasy III) est inclus.
- Final Fantasy Explorers Ultimate Box Nintendo 3DS XL Body Original Cover – une coque pour 3DS XL disposant du logo de Final Fantasy Explorers et d'une illustration réalisée par Yoshitaka Amano.
- Final Fantasy Explorers Ultimate Box Suppin Tracks – un mini-album contenant les « demos » qui ont été utilisées pour concevoir les musiques du jeu (thème principal, ville, combats contre les boss), accompagné d'un livret abordant le travail du compositeur Tsuyoshi Sekito.
- Final Fantasy Explorers Ultimate Box Explorers Art Works – un artbook contenant des illustrations de Yoshitaka Amano, de Toshiyuki Itahana, et de Gen Kobayashi (invocations). Des visuels des jobs du jeu, des environnements et des équipements seront présents.
- Final Fantasy Explorers Ultimate Box Multi-Pouch – une pochette de protection pour 3DS XL (imitation cuir) orné d'une silhouette de Bahamut.
Notons par ailleurs que les joueurs qui achèteront une version standard du jeu chez Loppi ou HMV pourront obtenir une quête permettant de rassembler les matériaux nécessaires à la conception d'un « Chocobo Hammer ».