Traverser les mers à bord du Blue Noah, le bateau des héros de Shining Ark, ne sera pas nécessairement une partie de plaisir puisque des pirates n'hésiteront pas à vous attaquer !
S'ils parviennent à s'approcher suffisamment de votre vaisseau, ils commenceront à le bombarder avec leurs canons et tenteront ensuite de l'aborder.
Vous pourrez riposter avec le petit canon de votre navire puis lutter contre les envahisseurs lors de combats au corps à corps. Ces phases demanderont une certaine attention puisqu'il faudra surveiller l'arrivée des adversaires tout en canonnant le bateau des pirates.
Certains vaisseaux pirates disposeront d'énormes canons capables de couler le « Blue Noah » en une seule salve ! Vous devrez alors esquiver les attaques jusqu'à la fin d'un compte à rebours.
Un monstre marin géant, le Nephilim, sèmera la terreur dans la ville portuaire d'Azel. Lorsque vous essayerez de le combattre, il s'attaquera au « Blue Noah » en représailles.
Les batailles navales demanderont de contrôler la terre et la mer et devraient surprendre les joueurs.