Xenoblade Chronicles 3D est le portage du titre sorti sur Wii. Il sera uniquement compatible avec la New 3DS. Bien entendu cette version ajoute des graphismes en 3D pour la console, ainsi que des informations comme la carte ou le statut des personnages sur l'écran du bas. Un mode additionnel permettra également d'admirer les personnages en 3D et d'écouter l'OST du jeu.