Annoncé comme le troisième et dernier projet de Gust dans le cadre du "Beautiful Girls Festival" - dont les autres jeux étant Atelier Firis et Nights of Azure 2 - Blue Reflection plonge le joueur dans la peau d'une lycéenne. Hinako Shirai, la protagoniste, rêve de pouvoir reprendre la danse. Blessée au pied pendant un concours, elle s'est depuis fermée aux autres.
Au départ, le jeu tournera autour des relations qu'elle pourra nouer avec les autres lycéennes. Les journées se résumeront à une vie banale de lycéenne.
C'est en rencontrant deux de ses camarades, Yuzuki Shijou et Raimu Shijou, qu'elle développera un pouvoir magique et se fera appeler "Reflector". Malgré qu'elle ignore de quoi il s'agit vraiment, ce qu'elle affronte et pourquoi, elle se jettera dans la bataille, guidée par ses deux amies.