Alors que sa parution outre-Pacifique est de plus en plus incertaine, MegaMan Xover se fend d'un nouveau mode de jeu pour augmenter son intérêt commercial.
Le jeu offrira désormais la possibilité aux joueurs de faire s'affronter leurs Megamen customisés dans des duels en un contre un, via le même système que les combats contre les boss (tour par tour). Pour aiguiser les sens tactiques, les lasers et équipements changent les aptitudes, résistances et faiblesses du personnage, ce qui peut s'avérer salvateur ou fatal en duel.
Le projet de localisation de Megaman Xover aux USA est toujours suspendu pour des raisons diverses et variées.